Desde el año 2000, Fernanda ha colaborado con diversas instancias de la sociedad civil. Formó parte del proceso de despenalización del aborto en la Ciudad de México. Ha brindado asistencia técnica a diversos congresos estatales en materia de derechos reproductivos y comisiones estatales de derechos humanos; ha realizado incidencia con organizaciones de la sociedad civil y academia y ha acompañado procesos de litigio a nivel regional.
Actualmente es Subdirectora de Incidencia en Ipas Latinoamérica y el Caribe.